H.Bonger, pg 54, 'Dwars maar recht'
De grootste zorg van de prins was, dat door de houding van de gereformeerden de katholieken van het verzet vervreemd zouden raken, zich naar de Spaanse zijde zouden wenden, waardoor de eenheid verbroken zou worden. De beide Unies, die van Utrecht en Atrecht bewijzen, dat zijn zorg terecht was. Dat zijn politiek van godsdienstvrijheid diep en oprecht was wordt nog eens bewezen door zijn woede toen hij hoorde, dat, toen Amsterdam in 1578 'om ging', de priesters en kloosterlingen op platte schuiten gedreven, buiten de stad werden gevaren.
Zijn vriend Coornhert werd door de staten verboden nog iets op het gebied van de theologie te publiceren. Uit verontwaardiging hierover schreef Coornhert (1579) 'Vanden aengheheven dwangh inder Conscientien binnen Hollandt' in de vorm van een dialoog tussen zijn vriend Van der Laan en hemzelf. Daarin betoogt hij dat de gereformeerden, die zelf zo lang ernstig geleden hadden onder de inquisitie en brandstapels, nu zelf zich onverdraagzaam betonen ten aanzien van de katholieken, de dopers en de aanhangers van de spiritualistische groeperingen. Wel is er dan, vastgelegd in de Pacificatie, gewetensvrijheid, maar ten eerste was die er altijd al, want geen mens of instantie kan de innerlijke overtuiging verbieden of bestraffen en ten tweede is die een onvoldoende garantie, want gewetensvrijheid kan samengaan met allerlei vrijheidsbeperkingen, zoals beperking van drukpersvrijheid en verbod op openbare kerkdiensten. Coornherts geschrift behelst een overtuigend pleidooi voor de scheidng van kerk en staat. De kerngedachten van zijn in 1582 geschreven boek 'Synodus van der conscientien vryheydt' zijn er in neergelegd. De enige taak van de wereldlijke regering is:
'Dat die Kercke den Overheydt niet weder, soo die oude pausen deden, onder haer voeten en treden, ende dat d'een d'ander niet en lastere, verdoeme, vervolghe noch en overweldighe: maer dat alle Kercken in Vryheydt (...) in eendracht en vreden neven malcanderen woonen en die poliycke vrede niet en verstooren'
Op geen enkele manier mag een regering 'één uyten hoope voor( te) staen metten Swaerde tot vernielinghe van alle d'anderen'.
De prins zal het met de inhoud van dit geschrift geheel eens zijn geweest; in de beroemde oudejaarsrede in de raad van State, in 1564 uitgesproken, is de verhouding van kerk en staat en de tolerantie de hoofdinhoud.